耳鼻咽喉科是集医、教、研为一体的医院重点科室。定编床位36张。拥有高级职称3人，主治医生3人，住院医生2人。科主任方文旭主任医师，为莆田市医学会耳鼻咽喉科学会主任委员，原莆田学院附属医院耳鼻咽喉科主任。科室定期邀请福建省立医院黄少鹏主任医师、福建医科大学附属第一医院许元腾博士，南京大学附属鼓楼医院佘万东主任医师等，来医院会诊、开展高难手术。科室引进高端设备有：德国（Zeiss）手术显微镜、美国美敦力（Medtronic）耳鼻喉动力系统、日本（Pentax）电子纤维喉镜、德国狼牌(wolf)鼻窦镜、丹麦（ltera）纯音测听及声导抗、韩国综合治疗台、国产低温等离子治疗仪、眩晕治疗仪、眼震电图仪等。科室开展常规及疑难手术有：耳显微手术、乳突根治、改良根治，听力重建手术，耳硬化症手术；鼻窦镜下鼻炎、鼻窦炎以及相关眼、颅底手术；儿童鼾症，睡眠呼吸暂停低通气综合征的综合治疗以及手术治疗；各类喉显微手术；耳、鼻、咽、喉肿瘤切除，颈淋巴清扫、功能重建手术；“耳石症”手法复位等。